Monseñor Francisco José Prieto Fernández nació en Ourense el 18 de agosto de 1968. Cursó estudios eclesiásticos en el Instituto Teológico “Divino Maestro” de Ourense, centro afiliado a la Facultad de Teología de la Universidad Pontificia de Salamanca (1986-1992) y fue ordenado sacerdote el 26 de junio de 1993.
Es licenciado en Teología Patrística por la Facultad de Teología de la Universidad Gregoriana de Roma (1992-1994) y doctor en Teología Bíblica por la Facultad de Teología de la Universidad Pontificia de Salamanca (2008).
Su ministerio pastoral lo ha desarrollado en la diócesis de Ourense. Ha sido capellán del monasterio de San José de las MM. Clarisas (2004-2021) y vicario episcopal para la Nueva Evangelización de Ourense (2012-2021).
La actividad pastoral la ha compaginado con la docencia en el Instituto Teológico “Divino Maestro” de Ourense como profesor de Patrología y Orígenes del Cristianismo (desde el curso 1995- 1996); de Metodología Científica (desde el curso 2007-2008); de Cristología (desde el curso 2009-2010) y de Mariología (desde el curso 2018- 2019). Es profesor invitado en el Instituto Teológico Compostelano (desde el curso 2017-2018) y director del Centro de Ciencias Religiosas San Martín en Ourense, sección del Instituto Superior Compostelano de Ciencias Religiosas. También es profesor en la Formación Permanente del Clero de la diócesis de Ourense (desde el año 1995).
Miembro de la Asociación Bíblica Española (desde 2002) y de la Comisión Teológica Asesora de la Conferencia Episcopal
Española (desde 2013), fue secretario del consejo de redacción de la revista Auriensia, publicación del Instituto Teológico “Divino Maestro” (desde 1998).
En la Diócesis Ourensana desempeñó los siguientes cargos pastorales: vicario parroquial de la parroquia de Santa Teresita (1994-1995); formador del Seminario Menor (1995-1996); administrador parroquial de Chaguazoso, Manzalvos, Cádavos y Castromil (1996- 1997), de Vilar das Tres (1997-2001) y de Carballeda (O Reino), Torrezuela, Corna y Coiras (2008-2009), además de vicario parroquial de San Pío X (2009).
El 28 de enero de 2021 se hizo público su nombramiento como Obispo Titular de Vergi y Auxiliar de Santiago de Compostela. Su Ordenación Episcopal, presidida por Mons. Julián Barrio Barrio, Arzobispo de Santiago de Compostela, tuvo lugar el día 10 de abril en la SAMI Catedral de Santiago.
En la Conferencia Episcopal Española es miembro de la Comisión Episcopal para las Comunicaciones Sociales y de la Subcomisión Episcopal para el Patrimonio Cultural.